Identification de mécanismes de résistance non liée à la cible grâce à la transcriptomique - Université Toulouse 3 Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2013

Identification of non-target-site based resistance mechanisms by a transciptomics approach

Identification de mécanismes de résistance non liée à la cible grâce à la transcriptomique

Résumé

We have witnessed a dramatic increase in the number of weeds showing herbicide resistance during the past three decades. The potentially most dangerous mechanisms of resistance endows Non-Target-Site based Resistance (NTSR): NTSR is polygenic, unpredictable and can confer cross-resistance to herbicides with different modes of action. High throughput sequencing methods, like RNA sequencing (RNA-seq), are particularly effective to identify genes differentially expressed between two experimental modalities. Therefore, RNA sequencing was implemented to identify genes involved in NTSR to clodinafop (an ACCase inhibitor) in black-grass. Black-grass transcriptome was sequenced from 4 sensitive plants and 4 clodinafop-resistant plants from the same F1 population, collected at different time-points before and after herbicide treatment. A black-grass transcriptome database was established that contains qualitative data (sequence of each gene and associated protein) and quantitative data (gene expression level of every gene during the time-course, in sensitive and in resistant plants). The expression of candidate NTSR genes was subsequently verified by quantitative RT-PCR.
Nous avons assisté à une augmentation spectaculaire du nombre d’adventices résistantes à un herbicide ces 30 dernières années. Les mécanismes de résistance potentiellement les plus dangereux sous tendent la résistance non liée à la cible (RNLC) : la RNLC est polygénique, imprévisible et elle peut conférer des profils de résistance croisée à des herbicides ayant des modes d’action pouvant être différents. Les techniques de séquençage haut débit, comme le RNA sequencing (RNA-seq), sont particulièrement efficaces pour identifier les gènes différentiellement exprimés entre deux modalités. La méthode RNA-seq a donc été utilisée pour identifier des gènes de RNLC au clodinafop (inhibiteur de l’ACCase) chez le vulpin. Le transcriptome du vulpin a été séquencé à partir de quatre plantes sensibles et de quatre plantes résistantes au clodinafop provenant de la même F1 (première génération d'un croisement). Les plantes ont été prélevées avant et à différents moments après le traitement herbicide. Une base de données du transcriptome du vulpin a été établie, contenant des données qualitatives (séquence de chaque gène, protéine associée) et quantitatives (niveau d’expression de chaque gène au cours de la cinétique de prélèvement, chez les sensibles et chez les résistants). L’expression de gènes-candidats de RNLC a ensuite été vérifiée par RT-PCR quantitative.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-02747026 , version 1 (03-06-2020)

Identifiants

  • HAL Id : hal-02747026 , version 1
  • PRODINRA : 261555

Citer

Jeanne Gardin, Sébastien Carrère, Jerome Gouzy, B. Couloume, C. Engel, et al.. Identification de mécanismes de résistance non liée à la cible grâce à la transcriptomique. 22. Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes, Association Française de Protection des Plantes (AFPP). FRA., Dec 2013, Dijon, France. 45 p. ⟨hal-02747026⟩
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