A reference map of the human protein interactome
Katja Luck
(1, 2)
,
Dae-Kyum Kim
(1, 3)
,
Luke Lambourne
(1, 2)
,
Kerstin Spirohn
(1, 2)
,
Bridget E Begg
(1, 2)
,
Wenting Bian
(1, 2)
,
Ruth Brignall
(1, 2)
,
Tiziana Cafarelli
(1, 2)
,
Francisco J Campos-Laborie
(4)
,
Benoit Charloteaux
(1, 2)
,
Dongsic Choi
(5)
,
Atina G Cote
(1, 3, 6)
,
Meaghan Daley
(1, 2)
,
Steven Deimling
(3)
,
Alice Desbuleux
(1, 2, 7)
,
Amélie Dricot
(1, 2)
,
Marinella Gebbia
(1, 3, 6)
,
Madeleine F Hardy
(1, 2)
,
Nishka Kishore
(1, 3, 6)
,
Jennifer J Knapp
(1, 3, 6)
,
István A. Kovács
(8, 1, 9)
,
Irma Lemmens
(10, 11)
,
Miles W. Mee
(3)
,
Joseph C Mellor
(3, 1, 6)
,
Carl Pollis
(1, 2)
,
Carles Pons
(12)
,
Aaron D Richardson
(1, 2)
,
Sadie Schlabach
(1, 2)
,
Bridget Teeking
(1, 2)
,
Anupama Yadav
(1, 2)
,
Mariana Babor
(1, 3, 6)
,
Dawit Balcha
(1, 2)
,
Omer Basha
(13)
,
Christian Bowman-Colin
(2)
,
Suet-Feung Chin
(14)
,
Soon Gang Choi
(1, 2)
,
Claudia Colabella
(15)
,
Georges Coppin
(1, 2)
,
Cassandra d'Amata
(3)
,
David de Ridder
(1, 2)
,
Steffi de Rouck
(10, 11)
,
Miquel Duran-Frigola
(12)
,
Hanane Ennajdaoui
(1, 3, 6)
,
Florian Goebels
(3)
,
Liana Goehring
(2)
,
Anjali Gopal
(1, 3, 6)
,
Ghazal Haddad
(1, 3, 6)
,
Elodie Hatchi
(2, 1)
,
Mohamed Helmy
(3)
,
Yves Jacob
(16)
,
Yoseph Kassa
(1, 2)
,
Serena Landini
(2)
,
Roujia Li
(1, 3, 6)
,
Natascha van Lieshout
,
Andrew Macwilliams
,
Dylan Markey
,
Joseph N Paulson
,
Sudharshan Rangarajan
,
John Rasla
,
Ashyad Rayhan
,
Thomas Rolland
(1, 2)
,
Adriana San-Miguel
,
Yun Shen
,
Dayag Sheykhkarimli
,
Gloria M Sheynkman
,
Eyal Simonovsky
,
Murat Taşan
,
Alexander Tejeda
,
Jean-Claude Twizere
,
Yang Wang
,
Robert J Weatheritt
,
Jochen Weile
,
Yu Xia
,
Xinping Yang
,
Esti Yeger-Lotem
,
Quan Zhong
,
Patrick Aloy
,
Gary D Bader
,
Javier de Las Rivas
(4)
,
Suzanne Gaudet
(1, 2)
,
Tong Hao
(1, 2)
,
Janusz Rak
(5)
,
Jan Tavernier
(10, 11)
,
Vincent Tropepe
(3)
,
David E Hill
(1, 2)
,
Marc Vidal
(1, 2)
,
Frederick P Roth
(1, 3, 6, 17)
,
Michael A Calderwood
(1, 2)
1
Dana-Farber Cancer Institute [Boston]
2 HMS - Harvard Medical School [Boston]
3 University of Toronto
4 Universidad de Salamanca [España] = University of Salamanca [Spain]
5 MUHC - McGill University Health Center [Montreal]
6 MSH - Mount Sinai Hospital [Toronto, Canada]
7 Université de Liège
8 Wigner Research Centre for Physics [Budapest]
9 Northeastern University [Boston]
10 VIB - Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique]
11 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
12 BIST - Barcelona Institute of Science and Technology
13 BGU - Ben-Gurion University of the Negev
14 CAM - University of Cambridge [UK]
15 UNIPG - Università degli Studi di Perugia = University of Perugia
16 GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2) - Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses
17 CIFAR - Canadian Institute for Advanced Research
2 HMS - Harvard Medical School [Boston]
3 University of Toronto
4 Universidad de Salamanca [España] = University of Salamanca [Spain]
5 MUHC - McGill University Health Center [Montreal]
6 MSH - Mount Sinai Hospital [Toronto, Canada]
7 Université de Liège
8 Wigner Research Centre for Physics [Budapest]
9 Northeastern University [Boston]
10 VIB - Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique]
11 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
12 BIST - Barcelona Institute of Science and Technology
13 BGU - Ben-Gurion University of the Negev
14 CAM - University of Cambridge [UK]
15 UNIPG - Università degli Studi di Perugia = University of Perugia
16 GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2) - Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses
17 CIFAR - Canadian Institute for Advanced Research
Katja Luck
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768319
- ORCID : 0000-0003-2336-9225
Luke Lambourne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797487
- ORCID : 0000-0002-7001-7575
Kerstin Spirohn
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769175
- ORCID : 0000-0002-2071-1606
Wenting Bian
- Fonction : Auteur
Alice Desbuleux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797993
- ORCID : 0000-0002-7058-4553
Irma Lemmens
- Fonction : Auteur
- PersonId : 925138
Anupama Yadav
- Fonction : Auteur
- PersonId : 785767
- ORCID : 0000-0001-5338-0455
Dawit Balcha
- Fonction : Auteur
Yoseph Kassa
- Fonction : Auteur
Natascha van Lieshout
- Fonction : Auteur
Andrew Macwilliams
- Fonction : Auteur
Dylan Markey
- Fonction : Auteur
Joseph N Paulson
- Fonction : Auteur
Sudharshan Rangarajan
- Fonction : Auteur
John Rasla
- Fonction : Auteur
Ashyad Rayhan
- Fonction : Auteur
Thomas Rolland
- Fonction : Auteur
- PersonId : 178867
- IdHAL : thomas-rolland
- ORCID : 0000-0001-6468-8391
Adriana San-Miguel
- Fonction : Auteur
Yun Shen
- Fonction : Auteur
Dayag Sheykhkarimli
- Fonction : Auteur
Gloria M Sheynkman
- Fonction : Auteur
Eyal Simonovsky
- Fonction : Auteur
Murat Taşan
- Fonction : Auteur
Alexander Tejeda
- Fonction : Auteur
Jean-Claude Twizere
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765612
- ORCID : 0000-0002-8683-705X
Yang Wang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 759374
- ORCID : 0000-0001-6354-9146
Robert J Weatheritt
- Fonction : Auteur
Jochen Weile
- Fonction : Auteur
Yu Xia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797484
- ORCID : 0000-0002-0728-9201
Xinping Yang
- Fonction : Auteur
Esti Yeger-Lotem
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797994
- ORCID : 0000-0002-8279-7898
Quan Zhong
- Fonction : Auteur
Patrick Aloy
- Fonction : Auteur
Gary D Bader
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797995
- ORCID : 0000-0003-0185-8861
Tong Hao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797996
- ORCID : 0000-0001-7908-3256
Jan Tavernier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765588
- ORCID : 0000-0002-7609-6462
David E Hill
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 925154
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Frederick P Roth
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 1067898
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Michael A Calderwood
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 1056449
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Résumé
Global insights into cellular organization and function require comprehensive understanding of interactome networks. Similar to how a reference genome sequence revolutionized human genetics, a reference map of the human interactome network is critical to fully understand genotype-phenotype relationships. Here we present the first human “all-by-all” binary reference interactome map, or “HuRI”. With ~53,000 high-quality protein-protein interactions (PPIs), HuRI is approximately four times larger than the information curated from small-scale studies available in the literature. Integrating HuRI with genome, transcriptome and proteome data enables the study of cellular function within essentially any physiological or pathological cellular context. We demonstrate the use of HuRI in identifying specific subcellular roles of PPIs and protein function modulation via splicing during brain development. Inferred tissue-specific networks reveal general principles for the formation of cellular context-specific functions and elucidate potential molecular mechanisms underlying tissue-specific phenotypes of Mendelian diseases. HuRI thus represents an unprecedented, systematic reference linking genomic variation to phenotypic outcomes.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
---|---|
Licence |
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