Evolving phenotypes of non-hospitalized patients that indicate long COVID - Université Paris Cité Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue BMC Medicine Année : 2021

Evolving phenotypes of non-hospitalized patients that indicate long COVID

Hossein Estiri (1) , Zachary Strasser (1) , Gabriel Brat (2) , Yevgeniy Semenov (1) , Chirag Patel , Shawn Murphy , James Aaron , Giuseppe Agapito , Adem Albayrak , Mario Alessiani , Danilo Amendola , Li Anthony , Bruce Aronow , Fatima Ashraf , Andrew Atz , Paul Avillach , James Balshi , Brett Beaulieu-Jones , Douglas Bell , Antonio Bellasi , Riccardo Bellazzi , Vincent Benoit , Michele Beraghi , José Luis Bernal Sobrino , Mélodie Bernaux , Romain Bey , Alvar Blanco Martínez , Martin Boeker , Clara-Lea Bonzel , John Booth , Silvano Bosari , Florence Bourgeois , Robert Bradford , Stéphane Bréant , Nicholas Brown , William Bryant , Mauro Bucalo , Anita Burgun , Tianxi Cai , Mario Cannataro , Aldo Carmona , Charlotte Caucheteux , Julien Champ , Jin Chen , Krista Chen , Luca Chiovato , Lorenzo Chiudinelli , Kelly Cho , James Cimino , Tiago Colicchio , Sylvie Cormont , Sébastien Cossin , Jean Craig , Juan Luis Cruz Bermúdez , Jaime Cruz Rojo , Arianna Dagliati , Mohamad Daniar , Christel Daniel , Anahita Davoudi , Batsal Devkota , Julien Dubiel , Loic Esteve , Shirley Fan , Robert Follett , Paula Gaiolla , Thomas Ganslandt , Noelia García Barrio , Lana Garmire , Nils Gehlenborg , Alon Geva , Tobias Gradinger , Alexandre Gramfort , Romain Griffier , Nicolas Griffon , Olivier Grisel , Alba Gutiérrez-Sacristán , David Hanauer , Christian Haverkamp , Bing He , Darren Henderson , Martin Hilka , John Holmes , Chuan Hong , Petar Horki , Kenneth Huling , Meghan Hutch , Richard Issitt , Anne Sophie Jannot , Vianney Jouhet , Mark Keller , Katie Kirchoff , Jeffrey Klann , Isaac Kohane , Ian Krantz , Detlef Kraska , Ashok Krishnamurthy , Sehi L’yi , Trang Le , Judith Leblanc , Andressa Leite , Guillaume Lemaitre , Leslie Lenert , Damien Leprovost , Molei Liu , Ne Hooi Will Loh , Sara Lozano-Zahonero , Yuan Luo , Kristine Lynch , Sadiqa Mahmood , Sarah Maidlow , Alberto Malovini , Kenneth Mandl , Chengsheng Mao , Anupama Maram , Patricia Martel , Aaron Masino , Maria Mazzitelli , Arthur Mensch , Marianna Milano , Marcos Minicucci , Bertrand Moal , Jason Moore , Cinta Moraleda , Jeffrey Morris , Michele Morris , Karyn Moshal , Sajad Mousavi , Danielle Mowery , Douglas Murad , Thomas Naughton , Antoine Neuraz (3, 4, 5) , Kee Yuan Ngiam , James Norman , Jihad Obeid , Marina Okoshi , Karen Olson , Gilbert Omenn , Nina Orlova , Brian Ostasiewski , Nathan Palmer , Nicolas Paris , Lav Patel , Miguel Pedrera Jimenez , Emily Pfaff , Danielle Pillion , Hans Prokosch , Robson Prudente , Víctor Quirós González , Rachel Ramoni , Maryna Raskin , Siegbert Rieg , Gustavo Roig Domínguez , Pablo Rojo , Carlos Sáez , Elisa Salamanca , Malarkodi Samayamuthu , Arnaud Sandrin , Janaina Santos , Maria Savino , Emily Schriver , Petra Schubert , Juergen Schuettler , Luigia Scudeller , Neil Sebire , Pablo Serrano Balazote , Patricia Serre , Arnaud Serret-Larmande , Zahra Shakeri , Domenick Silvio , Piotr Sliz , Jiyeon Son , Charles Sonday , Andrew South , Anastasia Spiridou , Amelia Tan , Bryce Tan , Byorn Tan , Suzana Tanni , Deanne Taylor , Ana Terriza Torres , Valentina Tibollo , Patric Tippmann , Carlo Torti , Enrico Trecarichi , Yi-Ju Tseng , Andrew Vallejos , Gael Varoquaux , Margaret Vella , Guillaume Verdy , Jill-Jênn Vie , Shyam Visweswaran , Michele Vitacca , Kavishwar Wagholikar , Lemuel Waitman , Xuan Wang , Demian Wassermann , Griffin Weber , Zongqi Xia , Nadir Yehya , William Yuan , Alberto Zambelli , Harrison Zhang , Daniel Zoeller , Chiara Zucco
Hossein Estiri
Gabriel Brat
Chirag Patel
  • Fonction : Auteur
Shawn Murphy
James Aaron
  • Fonction : Auteur
Giuseppe Agapito
  • Fonction : Auteur
Adem Albayrak
  • Fonction : Auteur
Mario Alessiani
  • Fonction : Auteur
Danilo Amendola
Li Anthony
  • Fonction : Auteur
Bruce Aronow
Fatima Ashraf
  • Fonction : Auteur
Andrew Atz
  • Fonction : Auteur
Paul Avillach
James Balshi
  • Fonction : Auteur
Brett Beaulieu-Jones
Douglas Bell
  • Fonction : Auteur
Antonio Bellasi
Riccardo Bellazzi
Vincent Benoit
  • Fonction : Auteur
Michele Beraghi
José Luis Bernal Sobrino
  • Fonction : Auteur
Mélodie Bernaux
  • Fonction : Auteur
Romain Bey
  • Fonction : Auteur
Alvar Blanco Martínez
  • Fonction : Auteur
Martin Boeker
  • Fonction : Auteur
Clara-Lea Bonzel
John Booth
  • Fonction : Auteur
Silvano Bosari
  • Fonction : Auteur
Florence Bourgeois
  • Fonction : Auteur
Robert Bradford
Stéphane Bréant
  • Fonction : Auteur
Nicholas Brown
  • Fonction : Auteur
William Bryant
  • Fonction : Auteur
Mauro Bucalo
Anita Burgun
Tianxi Cai
Mario Cannataro
Aldo Carmona
  • Fonction : Auteur
Charlotte Caucheteux
  • Fonction : Auteur
Julien Champ
  • Fonction : Auteur
Jin Chen
  • Fonction : Auteur
Krista Chen
  • Fonction : Auteur
Luca Chiovato
Lorenzo Chiudinelli
  • Fonction : Auteur
Kelly Cho
James Cimino
Tiago Colicchio
  • Fonction : Auteur
Sylvie Cormont
  • Fonction : Auteur
Sébastien Cossin
  • Fonction : Auteur
Jean Craig
  • Fonction : Auteur
Juan Luis Cruz Bermúdez
  • Fonction : Auteur
Jaime Cruz Rojo
  • Fonction : Auteur
Arianna Dagliati
Mohamad Daniar
Christel Daniel
  • Fonction : Auteur
Anahita Davoudi
  • Fonction : Auteur
Batsal Devkota
  • Fonction : Auteur
Julien Dubiel
  • Fonction : Auteur
Loic Esteve
  • Fonction : Auteur
Shirley Fan
  • Fonction : Auteur
Robert Follett
Paula Gaiolla
  • Fonction : Auteur
Thomas Ganslandt
  • Fonction : Auteur
Noelia García Barrio
  • Fonction : Auteur
Lana Garmire
  • Fonction : Auteur
Nils Gehlenborg
Alon Geva
  • Fonction : Auteur
Tobias Gradinger
  • Fonction : Auteur
Alexandre Gramfort
Romain Griffier
  • Fonction : Auteur
Nicolas Griffon
Olivier Grisel
  • Fonction : Auteur
Alba Gutiérrez-Sacristán
David Hanauer
Christian Haverkamp
  • Fonction : Auteur
Bing He
  • Fonction : Auteur
Darren Henderson
Martin Hilka
  • Fonction : Auteur
John Holmes
Chuan Hong
Petar Horki
  • Fonction : Auteur
Kenneth Huling
  • Fonction : Auteur
Meghan Hutch
Richard Issitt
  • Fonction : Auteur
Anne Sophie Jannot
  • Fonction : Auteur
Vianney Jouhet
Mark Keller
  • Fonction : Auteur
Katie Kirchoff
Jeffrey Klann
Isaac Kohane
Ian Krantz
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Detlef Kraska
  • Fonction : Auteur
Ashok Krishnamurthy
Sehi L’yi
  • Fonction : Auteur
Trang Le
Judith Leblanc
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Andressa Leite
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Guillaume Lemaitre
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Leslie Lenert
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Damien Leprovost
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 782540
  • IdRef : 17128500X
Molei Liu
Ne Hooi Will Loh
Sara Lozano-Zahonero
Yuan Luo
Kristine Lynch
  • Fonction : Auteur
Sadiqa Mahmood
  • Fonction : Auteur
Sarah Maidlow
Alberto Malovini
Kenneth Mandl
Chengsheng Mao
  • Fonction : Auteur
Anupama Maram
  • Fonction : Auteur
Patricia Martel
  • Fonction : Auteur
Aaron Masino
  • Fonction : Auteur
Maria Mazzitelli
  • Fonction : Auteur
Arthur Mensch
  • Fonction : Auteur
Marianna Milano
  • Fonction : Auteur
Marcos Minicucci
  • Fonction : Auteur
Bertrand Moal
Jason Moore
Cinta Moraleda
  • Fonction : Auteur
Jeffrey Morris
  • Fonction : Auteur
Michele Morris
Karyn Moshal
  • Fonction : Auteur
Sajad Mousavi
  • Fonction : Auteur
Danielle Mowery
Douglas Murad
  • Fonction : Auteur
Thomas Naughton
  • Fonction : Auteur
Kee Yuan Ngiam
James Norman
  • Fonction : Auteur
Jihad Obeid
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Marina Okoshi
Karen Olson
  • Fonction : Auteur
Gilbert Omenn
Nina Orlova
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Brian Ostasiewski
  • Fonction : Auteur
Nathan Palmer
Nicolas Paris
  • Fonction : Auteur
Lav Patel
Miguel Pedrera Jimenez
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Emily Pfaff
  • Fonction : Auteur
Danielle Pillion
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Hans Prokosch
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Robson Prudente
Víctor Quirós González
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Rachel Ramoni
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Maryna Raskin
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Siegbert Rieg
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Gustavo Roig Domínguez
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Pablo Rojo
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Carlos Sáez
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Elisa Salamanca
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Malarkodi Samayamuthu
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Arnaud Sandrin
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Janaina Santos
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Maria Savino
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Emily Schriver
Petra Schubert
Juergen Schuettler
  • Fonction : Auteur
Luigia Scudeller
  • Fonction : Auteur
Neil Sebire
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Pablo Serrano Balazote
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Patricia Serre
  • Fonction : Auteur
Arnaud Serret-Larmande
Zahra Shakeri
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Domenick Silvio
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Piotr Sliz
Jiyeon Son
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Charles Sonday
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Andrew South
Anastasia Spiridou
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Amelia Tan
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Bryce Tan
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Byorn Tan
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Suzana Tanni
Deanne Taylor
Ana Terriza Torres
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Valentina Tibollo
Patric Tippmann
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Carlo Torti
Enrico Trecarichi
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Yi-Ju Tseng
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Andrew Vallejos
Gael Varoquaux
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Margaret Vella
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Guillaume Verdy
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Jill-Jênn Vie
  • Fonction : Auteur
Shyam Visweswaran
Michele Vitacca
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Kavishwar Wagholikar
Lemuel Waitman
  • Fonction : Auteur
Xuan Wang
Demian Wassermann
  • Fonction : Auteur
Griffin Weber
Zongqi Xia
Nadir Yehya
  • Fonction : Auteur
William Yuan
Alberto Zambelli
  • Fonction : Auteur
Harrison Zhang
Daniel Zoeller
  • Fonction : Auteur
Chiara Zucco
  • Fonction : Auteur

Résumé

Abstract Background For some SARS-CoV-2 survivors, recovery from the acute phase of the infection has been grueling with lingering effects. Many of the symptoms characterized as the post-acute sequelae of COVID-19 (PASC) could have multiple causes or are similarly seen in non-COVID patients. Accurate identification of PASC phenotypes will be important to guide future research and help the healthcare system focus its efforts and resources on adequately controlled age- and gender-specific sequelae of a COVID-19 infection. Methods In this retrospective electronic health record (EHR) cohort study, we applied a computational framework for knowledge discovery from clinical data, MLHO, to identify phenotypes that positively associate with a past positive reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) test for COVID-19. We evaluated the post-test phenotypes in two temporal windows at 3–6 and 6–9 months after the test and by age and gender. Data from longitudinal diagnosis records stored in EHRs from Mass General Brigham in the Boston Metropolitan Area was used for the analyses. Statistical analyses were performed on data from March 2020 to June 2021. Study participants included over 96 thousand patients who had tested positive or negative for COVID-19 and were not hospitalized. Results We identified 33 phenotypes among different age/gender cohorts or time windows that were positively associated with past SARS-CoV-2 infection. All identified phenotypes were newly recorded in patients’ medical records 2 months or longer after a COVID-19 RT-PCR test in non-hospitalized patients regardless of the test result. Among these phenotypes, a new diagnosis record for anosmia and dysgeusia (OR 2.60, 95% CI [1.94–3.46]), alopecia (OR 3.09, 95% CI [2.53–3.76]), chest pain (OR 1.27, 95% CI [1.09–1.48]), chronic fatigue syndrome (OR 2.60, 95% CI [1.22–2.10]), shortness of breath (OR 1.41, 95% CI [1.22–1.64]), pneumonia (OR 1.66, 95% CI [1.28–2.16]), and type 2 diabetes mellitus (OR 1.41, 95% CI [1.22–1.64]) is one of the most significant indicators of a past COVID-19 infection. Additionally, more new phenotypes were found with increased confidence among the cohorts who were younger than 65. Conclusions The findings of this study confirm many of the post-COVID-19 symptoms and suggest that a variety of new diagnoses, including new diabetes mellitus and neurological disorder diagnoses, are more common among those with a history of COVID-19 than those without the infection. Additionally, more than 63% of PASC phenotypes were observed in patients under 65 years of age, pointing out the importance of vaccination to minimize the risk of debilitating post-acute sequelae of COVID-19 among younger adults.

Dates et versions

hal-03476717 , version 1 (13-12-2021)

Identifiants

Citer

Hossein Estiri, Zachary Strasser, Gabriel Brat, Yevgeniy Semenov, Chirag Patel, et al.. Evolving phenotypes of non-hospitalized patients that indicate long COVID. BMC Medicine, 2021, 19 (1), pp.249. ⟨10.1186/s12916-021-02115-0⟩. ⟨hal-03476717⟩
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