Caractérisation multi-omique des maladies inflammatoires de l’intestin - Université Paris Cité Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2021

Multi-omics characterization of inflammatory bowel diseases

Caractérisation multi-omique des maladies inflammatoires de l’intestin

Résumé

Inflammatory bowel diseases (IBD) remain a constant challenge in clinical practice and sometimes alter young patients' lives through symptoms and potential complications. Although new treatments like anti-TNF therapies have revolutionized the management of IBD, predicting the course of disease and its response to treatment remains an unmet need in medical practice. 'OMICS' studies, such as transcriptomic and next-generation sequencing of microbial or host genetic information, revolutionize how we do science and shed new light on diseases that have been studied extensively in the past. We aim to use internal and external cohorts of IBD patients with associated 'omics' to answer unmet needs; identifying new drug targets, improving our understanding of the disease and predicting its varying course. In the first section, we use a meta-analysis of publicly available IBD mucosa gene expression totaling more than 1000 samples to show that there are specific markers of IBD in the ileum and in the colon. These markers harness the potential to yield new drug targets. In the second section, we show the power of multi-omics on our cohort of patients undergoing surgery (REMIND) to predict postoperative recurrence after ileocecal resection in Crohn's disease (CD). These findings can be coupled with clinical data to improve the prediction of outcomes and guide clinical decisions in an unbiased fashion. Overall using genetics, transcriptome, and microbiome, we demonstrate the power of Omics to approach our goal of precision medicine in IBD.
Les maladies inflammatoires de l’intestin (MICI) restent un problème majeur pour la prise en charge cliniques et peut parfois altérer considéralement la vie de jeunes patients à travers des symptomes et complications potentielles. Bien que de nouveaux traitements tels que les anti TNF ont révolutionné la prise en charge des MICI, prédire le cours de la maladie et la réponse aux traitements restent un enjeu majeur de la pratique médicale. Les études 'omiques', tels que le transcriptome, le séquencage du microbiome ou la génétique ont changé notre manière de faire de la science, et révèlent de nouvelles characterisques des maladies étudiées par le passé. Ici nous souhaitons utiliser nos cohortes internes ett externes de patients atteint de MICI, à travers le séquençage multi-omique pour répondre à ces enjeux, identifier des nouvelles cibles thérapeutiques, améliorer notre compréhension de la maladie et mieux prédire son cours. Dans la première partie, nous effectuons une méta-analyse de l'expression génique de la muqueuse des patients atteints de MICI, accessible publiquement, totalisant plus de 1000 échantillons, pour montrer qu'il existe des marqueurs spécifiques des maladies iléales et coliques. Ces marqueurs pourraient déboucher sur l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans la deuxième partie, nous utilsons la puissance de l'analyse multi-omique sur notre cohorte de patients chirurgicaux (REMIND), pour prédire la récidive postopératoire après résection iléo-caecale dans la maladie de Crohn (MC). Ces résultats pourront être associés à des données cliniques pour améliorer la prédiction du cours de la maladie et guider les décisions cliniques de manière impartiale. En utilisant la génétique, le transcriptomique et le microbiome, nous démontrons la puissance de l'analyse multi-omique pour atteindre une médecine de précision dans les MICI.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04114667 , version 1 (02-06-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04114667 , version 1

Citer

Kevin Perez. Caractérisation multi-omique des maladies inflammatoires de l’intestin. Médecine humaine et pathologie. Université Paris Cité, 2021. Français. ⟨NNT : 2021UNIP7339⟩. ⟨tel-04114667⟩

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